為了避免在運輸和存放生物有機肥過程中造成不必要的損失，必須做到：

（1）運輸和存放時應避免和碳酸氫銨、鈣鎂磷肥等堿性肥料混淆；

（2）生物有機肥遇水容易導致養分損失，在運輸過程中應避免淋雨，存放則要在干燥通風的地方；

（3）生物有機肥內含有益微生物，陽光中的紫外線會影響有益微生物的正常生長繁殖